従業員が残業代に未払いがある旨を申告してきており、会社の対応によっては労働基準監督署に相談に行くと言っています。その場合、労働基準監督署から、この従業員のみに未払い残業代を支払うことを指導されるのでしょうか。

監督官の立入調査等は、企業に対して法令違反を改善させることを目的としているため、ご質問のケースのように、一部労働者に関する違反が確認されれば、それを基に全社的に再点検をするように指導を受ける事例が多く見受けられます。よって、未払い残業代を申告してきた従業員のみへの対応では済まなくなる可能性があります。